Please Login

Τροποποιήθηκε Τρίτη, 7 Απριλίου 2015

Τίτλος μαθήματος

Πρωτεομική και Γενωμική Ανάλυση

Κωδικός μαθήματος

ΥΠ008

Υπεύθυνος μαθήματος

Χατζηγεωργίου Άρτεμις

Διδάσκοντες

Χατζηγεωργίου Άρτεμις, Ζιντζαράς Ηλίας, Δοξάνη Χρυσούλα

Τρόπος διεξαγωγής

Παράδοση μαθημάτων μέσω διαλέξεων και εργαστηριακών ασκήσεων

Ταυτότητα μαθήματος

Υποχρεωτικό μάθημα – B΄ εξαμήνου

Λέξεις κλειδιά για αναζήτηση στο διαδίκτυο

Algorithm, programming language, python, java, sql, networking

Σκοποί και Στόχοι του μαθήματος

Στόχοι του μαθήματος είναι η απόκτηση γνώσεων ώστε οι φοιτητές να έχουν την ικανότητα:

  • της ηλεκτρονική διαχείρισης βιολογικών δεδομένων
  • της ανάλυσης ομοιότητας αλληλουχιών
  • της φυλογενετικής ανάλυσης βιολογικων δεδομένων
  • της πρωτεϊνικής ανάλυσης
  • της ανάλυσης δεδομένων Αλληλλούχισης Νέας γενιάς

Μέθοδος διδασκαλίας

Η διδασκαλία του μαθήματος γίνεται υπό τη μορφή ακαδημαϊκών διαλέξεων. Τα μαθήματα εμπεριέχουν πέραν της θεωρίας και εργαστηριακή εξάσκηση

Τρόπος και κριτήρια αξιολόγησης

Εργασίες (40%) και γραπτές εξετάσεις (60%)

Βιβλιογραφία

  • D. Mount, Bioinformatics Sequence and genome analysis Second Edition Cold Spring Harbor Laboratory Press
  • G. Gibson, S.Muse, A Primer of Genome Science Sinauer Associates Inc. Publischers
  • A. Baxevani, F. Ouelette, Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes And Proteins
  • Σ. Κοσσίδα Βιοπληροφρική. Ιδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών και Ακαδημίας Αθηνών

Ημερολογιακός προγραμματισμός και περίγραμμα διδακτικής ύλης

Διαλέξεις
(Α/Α)
Ημερ/νία
Ώρα
Εισηγητές Τίτλος και Περιεχόμενα Διαλέξεων
1.  06/05/17
9:00-10:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Ηλεκτρονική διαχείριση βιολογικών δεδομένων:

Τι είναι μία βάση δεδομένων?
Πρωτογενείς βάσεις δεδομένων DNA
Μηχανές αναζήτησης δεδομένων στις βιολογικές βάσεις δεδομένων
Δομή αρχείων

2. 06/05/17
10:00-12:00
Ζιντζαράς Ηλίας
Δοξάνη Χρυσούλα
Στοίχιση αλλοηλουχιών κατά ζεύγη

Διαγράμματα πινάκων σημείων
Μέθοδοι στοίχισης αλληλουχιών κατά ζεύγη
Πίνακες αντικατάστασης PAM / BLOSUM / BLAST / FASTA
Στατιστική σημαντικότητα

3. 06/05/17
13:00-14:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Ανάλυση ομοιότητας αλληλουχιών

Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων
Ανάλυση πολλαπλής αντιστοιχίας αλληλουχιών - CLUSTAL
Από τα αποτελέσματα της ανάλυσης αλληλουχιών σε βιολογικά δεδομένα

4. 06/05/17
14:00-16:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Πρότυπα και μοτίβα

Δευτερογενείς βάσεις δεδομένων
Μοτίβα DNA
Βάσεις TRANSFAC , DBTBS

5. 06/05/17
16:00-18:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Ρύθμιση της μεταγραφής

Εντοπισμός ρυθμιστικών παραγόντων
Βάσεις δεδομένων υποκινητών
Συγκριτική γονιδιωματική

6. 07/05/17
09:00-10:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Φυλογενετική ανάλυση

Εξελικτικές σχέσεις
Πρότυπα αντικατάστασης
Φυλογενετικά δέντρα

7. 07/05/17
10:00-11:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών

Πρωτογενείς βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών - SWISSPROT
Μοτίβα πρωτεϊνών
Δευτερογενείς βάσεις δεδομένων PROSITE, Pfam
Κατηγοριοποίηση δομών πρωτεϊνών

8. 07/05/17
11:00-13:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Πρωτεϊνική ανάλυση

Μέθοδοι εύρεσης δομής πρωτεϊνών
Σύγκριση δομών πρωτεϊνών
Πρόβλεψη λειτουργίας πρωτεϊνών
Εργαλεία λογισμικού για την πρωτεϊνική ανάλυση

9. 07/05/17
14:00-16:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Μη κωδικό DNA

Μικρά PNA και ο ρυθμιστικός τους ρόλος
Βάσεις δεδομένων για ανάλυση Μικρών PNA
Μεγάλο μη κωδικό PNA. Βάσεις δεδομένων για ανάλυση Μεγάλο μη κωδικό PNA
Παράδειγμα συμβολής του μη κωδικού DNA σε ασθένειες

10. 07/05/17
16:00-18:00
Χατζηγεωργίου Άρτεμις Αλληλλούχιση Νέας Γενιάς

Τεχνολογία
Ανάλυση δεδομένων
Παράδειγμα ανάλυσης δεδομένων από ασθενείς σε καρκίνο του μαστού
Παράδειγμα από ασθενείς σε καρκίνο των ωοθηκών

Προηγούμενο μάθημα Επόμενο μάθημα

Διεύθυνση: Παπακυριαζή 22, Λάρισα 41222
Development by the Molecular Evidence - Based Medicine Unit
Τελευταία ενημέρωση: 26/04/2017
Ενημέρωση Cumagas DB: 02/10/2010
Σχεδιασμός, Προγραμματισμός και Υλοποίηση: Theodoros Mprotsis

© Με επιφύλαξη κάθε νόμιμου διακαιώματος 2017 Εργαστήριο Βιομαθηματικών. Σχολή Επιστημών Υγείας. Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας