Τροποποιήθηκε Δευτέρα, 12 Ιουνίου 2023
Τίτλος μαθήματος
Πρωτεομική και Γενωμική Ανάλυση
Κωδικός μαθήματος
ΥΠ008
Υπεύθυνος μαθήματος
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Διδάσκοντες
Χατζηγεωργίου Άρτεμις, Ταστσόγλου Σπύρος, Ζιντζαράς Ηλίας, Δοξάνη Χρυσούλα
Τρόπος διεξαγωγής
Παράδοση μαθημάτων μέσω διαλέξεων και εργαστηριακών ασκήσεων
Ταυτότητα μαθήματος
Υποχρεωτικό μάθημα – B΄ εξαμήνου
Λέξεις κλειδιά για αναζήτηση στο διαδίκτυο
Algorithm, programming language, python, java, sql, networking
Σκοποί και Στόχοι του μαθήματος
Στόχοι του μαθήματος είναι η απόκτηση γνώσεων ώστε οι φοιτητές να έχουν την ικανότητα:
- της ηλεκτρονική διαχείρισης βιολογικών δεδομένων
- της ανάλυσης ομοιότητας αλληλουχιών
- της φυλογενετικής ανάλυσης βιολογικων δεδομένων
- της πρωτεϊνικής ανάλυσης
- της ανάλυσης δεδομένων Αλληλλούχισης Νέας γενιάς
Μέθοδος διδασκαλίας
Η διδασκαλία του μαθήματος γίνεται υπό τη μορφή ακαδημαϊκών διαλέξεων. Τα μαθήματα εμπεριέχουν πέραν της θεωρίας και εργαστηριακή εξάσκηση
Τρόπος και κριτήρια αξιολόγησης
Εργασίες (40%) και γραπτές εξετάσεις (60%)
Βιβλιογραφία
- D. Mount, Bioinformatics Sequence and genome analysis Second Edition Cold Spring Harbor Laboratory Press
- G. Gibson, S.Muse, A Primer of Genome Science Sinauer Associates Inc. Publischers
- A. Baxevani, F. Ouelette, Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes And Proteins
- Σ. Κοσσίδα Βιοπληροφρική. Ιδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών και Ακαδημίας Αθηνών
Ημερολογιακός προγραμματισμός και περίγραμμα διδακτικής ύλης
| 1. |
13/04/24
09:00-10:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Ηλεκτρονική διαχείριση βιολογικών δεδομένων:
- Τι είναι μία βάση δεδομένων?
- Πρωτογενείς βάσεις δεδομένων DNA
- Μηχανές αναζήτησης δεδομένων στις βιολογικές βάσεις
δεδομένων
- Δομή αρχείων
|
| 2. |
13/04/24
10:00-12:00 |
Ζιντζαράς Ηλίας
Δοξάνη Χρυσούλα |
Στοίχιση αλλοηλουχιών κατά ζεύγη
- Διαγράμματα πινάκων σημείων
- Μέθοδοι στοίχισης αλληλουχιών κατά ζεύγη
- Πίνακες αντικατάστασης PAM / BLOSUM / BLAST / FASTA
- Στατιστική σημαντικότητα
|
| 3. |
13/04/24
13:00-14:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Ανάλυση ομοιότητας αλληλουχιών
- Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων
- Ανάλυση πολλαπλής αντιστοιχίας
αλληλουχιών - CLUSTAL από τα
αποτελέσματα της ανάλυσης αλληλουχιών
σε βιολογικά δεδομένα
|
| 4. |
13/04/24
14:00-16:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Πρότυπα και μοτίβα
- Δευτερογενείς βάσεις δεδομένων
- Μοτίβα DNA
- Βάσεις TRANSFAC , DBTBS
|
| 5. |
13/04/24
16:00-18:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Ρύθμιση της μεταγραφής
- Εντοπισμός ρυθμιστικών παραγόντων
- Βάσεις δεδομένων υποκινητών
- Συγκριτική γονιδιωματική
|
| 6. |
14/04/24
09:00-10:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Φυλογενετική ανάλυση
- Εξελικτικές σχέσεις
- Πρότυπα αντικατάστασης
- Φυλογενετικά δέντρα
|
| 7. |
14/04/24
10:00-11:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών
- Πρωτογενείς βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών - SWISSPROT
- Μοτίβα πρωτεϊνών
- Δευτερογενείς βάσεις δεδομένων PROSITE, Pfam
- Κατηγοριοποίηση δομών πρωτεϊνών
|
| 8. |
14/04/24
11:00-13:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Πρωτεϊνική ανάλυση
- Μέθοδοι εύρεσης δομής πρωτεϊνών
- Σύγκριση δομών πρωτεϊνών
- Πρόβλεψη λειτουργίας πρωτεϊνών
- Εργαλεία λογισμικού για την πρωτεϊνική ανάλυση
|
| 9. |
14/04/24
14:00-16:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Μη κωδικό DNA
- Μικρά PNA και ο ρυθμιστικός τους ρόλος
- Βάσεις δεδομένων για ανάλυση Μικρών PNA
- Μεγάλο μη κωδικό PNA. Βάσεις δεδομένων
για ανάλυση Μεγάλο μη κωδικό PNA
- Παράδειγμα συμβολής του μη κωδικού DNA
σε ασθένειες
|
| 10. |
14/04/24
16:00-18:00 |
Χατζηγεωργίου Άρτεμις
Ταστσόγλου Σπύρος |
Αλληλλούχιση Νέας Γενιάς
- Τεχνολογία
- Ανάλυση δεδομένων
- Παράδειγμα ανάλυσης δεδομένων από ασθενείς
σε καρκίνο του μαστού
- Παράδειγμα από ασθενείς σε καρκίνο των ωοθηκών
|
Προηγούμενο μάθημα Επόμενο μάθημα